本所除致力於培養環境衛生、環境保護、職業衛生管理及職業病防治等方面之科學家、專業人才及政府、社會之管理領導人才，特別注重環境與職業衛生之研究，主要研究方向包括：

    (1) 環境衛生政策之研究

    (2) 社區環境及居住環境衛生之研究

    (3) 職業醫學、職業安全與衛生之研究

    (4) 飲水衛生及水質改善處理技術之研究

    (5) 環境輻射物質汙染與管理之研究

    (6) 環境職業暴露之流行病學研究

    (7) 食品安全與衛生之研究

    (8) 室內及室外空氣品質之研究

    (9) 公共環境、公共場所之環境管理研究

    (10) 環境毒物毒理學研究

      本所並與台灣聯合大學「環境與能源中心」合作，進行大型之環境與健康多年研究計畫，強化四校在同領域內研究人才整合，加強校際間之交流。